Die Besonderheit dieser Jugendfreizeiteinrichtung liegt in der Organisationsstruktur des Hauses: Es gilt das Prinzip der Selbstverwaltung. Dies gibt den Jugendlichen die Möglichkeit, bei allen den Verein betreffenden Fragen sich einzubringen und mitzubestimmen. Über die Hausverwaltungen und Vollversammlungen können die Mitglieder in diesen Gremien Einfluss auf die Arbeit im Jugendheim und seine Angebote nehmen. Das heißt, Jugendliche gestalten ihre Freizeit selbst im Rahmen der Möglichkeiten des Hauses. Wünsche und Trends können ad hoc angebracht und angegangen werden.
Selbstverwaltung bedeutet aber auch ein großes ehrenamtliches Engagement und Verantwortung. In der Stockumer Schule ist dieses insbesondere in Form von Betreuung der Öffnungszeiten, Programmgestaltung, Organisation und Durchführung von Veranstaltungen und besonderen Projekten, u. v. m. gefragt. Aber auch unliebsamere Aufgaben wie Verwaltungsarbeiten, Aufräum- und Renovierungsmaßnahmen, technische Wartung etc. müssen in Eigeninitiative angegangen werden.
Das Jugendliche dazu bereit sind, sich diesen Anforderungen zu stellen, zeigt sich im langjährigen Bestehen der Stockumer Schule: Die „Initiative Jugendheim Voerde“ traf sich erstmalig am 25. Oktober 1979.